編碼器受干擾來自于三個方面：第一是機械安裝的金屬導體接觸導入干擾，主要是外殼、轉軸的導體接觸的導入，和電機旋轉時產生的電磁場感應的軸電流導入。避免這種干擾的方法可以用良好的接地解決，如果現場接地無法判斷，也可以將整個編碼器絕緣懸浮（包括外殼、轉軸和電纜屏蔽層在編碼器安裝端的絕緣懸空）。

第二部分是電氣連接的引入，包括電源線、信號線和屏蔽線的錯誤接線或者漏電引入。編碼器電源上如果同時接入其他的設備，而這些設備有電感性干擾，會將干擾通過電源線傳給編碼器，例如繼電器、電磁閥、制動器、電機等等干擾源設備，這種情況下可給編碼器單獨供電，或對編碼器電源用DC/DC隔離。

第三部分是空間輻射干擾，各種設備的電磁場空間對于編碼器的輻射型干擾，這種情況下對于編碼器的選擇就很關鍵，需要選擇編碼器是全金屬外殼屏蔽的，而且外殼上不可有金屬螺絲，外殼上金屬螺絲可能會是輻射干擾吸收“天線"，并對編碼器內部接力輻射。其次要選6通道含反相的信號，平衡消差共模干擾輻射。第三要選專業的編碼器雙絞屏蔽電纜，在信號傳輸中減少輻射干擾。